根据上述主要职责，穆棱市民政局设5个内设机构： 

1、办公室

负责局机关政务和日常事务管理工作，负责局机关文秘、档案、保密、安全、保卫、信访、政务公开工作及信息、史志、民政年鉴编写工作，草拟全市民政工作总体规划和规范性文件；负责接待服务、后勤事务工作；负责全市民政行政执法监督、行政复议、民政政策法规咨询和规范性文件的审核、社会治安综合治理工作；负责全市民政事业经费、机关行政经费的管理工作；拟定全市婚姻登记、殡葬管理、收养登记的政策和规范性文件，并监督实施；拟定市属社会团体、市属民办企业单位管理办法；承办市属社会团体和民办非企业单位的监督管理；负责全市行政区划和地名管理工作。 

2、双拥办公室

担负市拥军优属拥政爱民工作领导小组办公室日常工作，具体承办各项双拥工作任务的落实，组织协调，指导基层双拥工作，筹备命名表彰双拥工作先进单位和先进个人等具体事宜。 

3、市退伍军人安置和优抚办公室

负责市本级退伍义务兵、专业士官、复员干部、军队离退休干部、退休士官、军队无军籍退休退职职工的接收安置工作；指导军地两用人才的开发使用工作，培育发展复退军人人才市场；负责退役士兵的档案管理工作。负责国家、省、市有关优抚对象抚恤优待政策和法规的贯彻落实，建立和完善优抚制度；负责烈士、因公牺牲军人、病故军人的死亡抚恤；负责在乡老复员军人、带病回乡退伍军人和参战参核退役人员的定期定量生活补助；负责市区义务兵家庭的优待；负责建国前老党员生活补贴。 

4、救灾救济和社会福利股

贯彻执行宣传国家、省、市救灾救济的有关方针、政策和法规；拟定全市救灾减灾政策、规划并组织实施；管理、分配救灾款物并监督使用；组织指导救灾捐赠工作；负责革命老区发展资金项目审定、申报和资金使用情况的监督检查，指导农村扶贫抚优工作；负责拟定全市社会福利事业发展规划，研究制定有关政策和管理办法并组织实施；负责指导福利事业单位管理工作；办理社会福利企业的审批工作，对社会福利企业进行年检；组织拟订促进慈善事业发展政策，组织、指导社会捐助工作。 

5、基层政权和社区建设股

拟订城乡基层群众自治建设和社区建设政策规划并组织实施；牵头指导城乡社区建设和社区服务体系建设；提出加强和改进城乡基层政权建设的建议，承担社区建设领导小组办公室的日常工作；指导市社区服务中心做好社区信息化服务和管理工作；组织基层政权和社区建设工作培训、评比、表彰工作；指导村（居）委会换届选举工作；牵头组织指导村务公开、民主管理和政务公开工作；负责街道办事处的设立、撤销、命名、变更、驻地迁移审批工作。